16: Біоінформатика
- Page ID
- 6523
\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)
- 16.1: Вступ
- Біологічні послідовності передаються програмному забезпеченню в стандартизованому форматі, іменованому FASTA. FASTA - це звичайний текстовий формат, який можна прочитати в будь-якому текстовому редакторі (TextEdit, Блокнот, VIM і т.д.). Нуклеїнові кислоти (ДНК і РНК) і Білки представлені однобуквенними нуклеотидами (A, T, C, G) або однобуквенними амінокислотами (20 амінокислот). Послідовності FASTA починаються з символу > у першому рядку і можуть містити декілька записів послідовності, розмежованих новим рядком і рядком заголовка, що починається з >.
- 16.2: Аналіз послідовності
- Ця сторінка містить інструкції про те, як виконати аналіз послідовності шляхом підрахунку ORF за допомогою файлу FASTA та програмного забезпечення UGENE.
- 16.3: У обмеженні кремнію
- Рестрикційні ферменти діють як молекулярні ножиці. Ті, які ми використовуємо в молекулярній біології, - це ті, які розрізаються в межах відомих послідовностей, які відбуваються досить часто, але досить рідко, щоб розрізати нашу ДНК на аналізувані фрагменти. Молекулярні біологи часто використовують 6-фрези. Це означає, що ділянку травлення «обмежений» послідовністю розпізнавання з 6 нуклеотидів. Ці нуклеотиди зазвичай паліндромні, як обговорювалося раніше.
- 16.4: У кремнієвій ПЛР
- Використовуючи послідовності праймерів, можна визначити розмір та/або розташування продукту ПЛР. Це можна зробити за допомогою BLAST або за допомогою такої програми, як UGENE. Ця сторінка містить інструкції щодо використання BLAST та UGENE для визначення розміру та/або розташування продукту ПЛР.
- 16.5: Грунт-вибух
- Грунтовка-вибух являє собою комбінацію програми під назвою Primer3, яка допомагає в розробці грунтовки з конкретними властивостями і BLAST. Праймер-бласт дозволяє будувати праймери для QPCR, де користувач може вказати температуру плавлення, зменшити кількість самовсмоктуючих та пролітати екзон-екзонові переходи, щоб уникнути ампліфікації забруднюючої геномної ДНК. Цей процес гарантує, що розроблені праймери підпадають під ваші проектні параметри і, швидше за все, лише підсилюють ваш зацікавлений ген.
- 16.6: Морфометичний аналіз
- Морфометрія (morpho— форма; metrics— вимірювання) - це використання фізичних вимірювань для визначення спорідненості організмів. З вимерлими організмами, які давно вимерли, екстракція ДНК виявляється складною. Аналогічним чином, до технологій ДНК для аналізу видів, таксономія Ліннея приписувалася організмам на основі подібності в особливостях.
- 16.7: Вирівнювання послідовності та побудова дерева
- Ця сторінка містить інформативне відео про те, як виконати процес побудови дерева на UGENE за допомогою MUSCLE і PhyML, а також командний рядок для файлу прикладу.