16.3: У обмеженні кремнію
- Page ID
- 6532
Концепція
Рестрикційні ферменти діють як молекулярні ножиці. Ті, які ми використовуємо в молекулярній біології, - це ті, які розрізаються в межах відомих послідовностей, які відбуваються досить часто, але досить рідко, щоб розрізати нашу ДНК на аналізувані фрагменти. Молекулярні біологи часто використовують 6-фрези. Це означає, що ділянку травлення «обмежений» послідовністю розпізнавання з 6 нуклеотидів. Ці нуклеотиди зазвичай паліндромні, як обговорювалося раніше.
Уявіть собі лінійний шматок ДНК як шматок рядка. При нарізці нитки один раз, ви отримаєте 2 штуки. Тепер розглянемо плазміду. Це вже обговорювалося як круговий шматок ДНК. З колом немає кінців. різання плазміди один раз призводить до 1 шматочка ДНК на відміну від 2. Майте це на увазі при перетравленні кругових плазмід. При цьому нуклеотид 1 примикає до останнього нуклеотиду послідовності і суміжний з ним.
У травленні кремнію
- Ця діяльність призначена для доповнення ідентифікації ДНК (активності)
- Запустіть UGENE і відкрийте такі файли:
- У меню «Об'єкти» клікніть правою кнопкою миші на послідовності і виберіть «Позначити як кругові»
- Послідовності тепер будуть розглядатися як кругова ДНК.
- Перший нуклеотид і останній нуклеотид стають сусідніми як безперервна послідовність таким чином.
4. У верхньому меню виберіть Дії → Аналіз → Знайти сайти обмежень.
- Це завантажить набір ферментів обмеження за замовчуванням.
- Якщо жоден не завантажений, виберіть їх окремо (знайдено в алфавітному порядку)
- Виберіть: Бамхі, Глі, Калі, Рай, Корі, Корв, Хінді, КПІ, ПТІ, Алі, Маї, Xbai, XMI, Ноти
5. Дії → Клонування → Дайджест на фрагменти
- Виберіть свій фермент.
- Спробуйте Hind III для кожної плазміди.
- Фрагменти будуть додані до кругового перегляду, а анотації до цих фрагментів будуть додані.
- Ви можете використовувати цю інформацію, щоб обчислити, скільки фрагментів надходить від ферментів, виходячи з того, скільки разів вони розрізаються, і за нуклеотидними координатами, знайденими в анотації фрагмента.