16.3: У обмеженні кремнію

Last updated

Oct 24, 2022
Save as PDF
- 16.2: Аналіз послідовності
- 16.4: У кремнієвій ПЛР

$\newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} }$

$\newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

Концепція

Рестрикційні ферменти діють як молекулярні ножиці. Ті, які ми використовуємо в молекулярній біології, - це ті, які розрізаються в межах відомих послідовностей, які відбуваються досить часто, але досить рідко, щоб розрізати нашу ДНК на аналізувані фрагменти. Молекулярні біологи часто використовують 6-фрези. Це означає, що ділянку травлення «обмежений» послідовністю розпізнавання з 6 нуклеотидів. Ці нуклеотиди зазвичай паліндромні, як обговорювалося раніше.

Уявіть собі лінійний шматок ДНК як шматок рядка. При нарізці нитки один раз, ви отримаєте 2 штуки. Тепер розглянемо плазміду. Це вже обговорювалося як круговий шматок ДНК. З колом немає кінців. різання плазміди один раз призводить до 1 шматочка ДНК на відміну від 2. Майте це на увазі при перетравленні кругових плазмід. При цьому нуклеотид 1 примикає до останнього нуклеотиду послідовності і суміжний з ним.

У травленні кремнію

Ця діяльність призначена для доповнення ідентифікації ДНК (активності)
Запустіть UGENE і відкрийте такі файли:
- Pglo.gb
- ПК 19,Гб
- ПКДНА 3,1 Гб
- PuC з вставкою
У меню «Об'єкти» клікніть правою кнопкою миші на послідовності і виберіть «Позначити як кругові»
- Послідовності тепер будуть розглядатися як кругова ДНК.
- Перший нуклеотид і останній нуклеотид стають сусідніми як безперервна послідовність таким чином.

4. У верхньому меню виберіть Дії → Аналіз → Знайти сайти обмежень.

Це завантажить набір ферментів обмеження за замовчуванням.
Якщо жоден не завантажений, виберіть їх окремо (знайдено в алфавітному порядку)
- Виберіть: Бамхі, Глі, Калі, Рай, Корі, Корв, Хінді, КПІ, ПТІ, Алі, Маї, Xbai, XMI, Ноти

5. Дії → Клонування → Дайджест на фрагменти

Виберіть свій фермент.
Спробуйте Hind III для кожної плазміди.
Фрагменти будуть додані до кругового перегляду, а анотації до цих фрагментів будуть додані.
Ви можете використовувати цю інформацію, щоб обчислити, скільки фрагментів надходить від ферментів, виходячи з того, скільки разів вони розрізаються, і за нуклеотидними координатами, знайденими в анотації фрагмента.