16.7: Вирівнювання послідовності та побудова дерева

$\newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} }$

$\newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

ЄВГЕН

Наступне відео ілюструє процес побудови дерева за допомогою MUSCLE і PhyML в UGENE.

Для цього потрібно:

Скачайте приклад файлу апельсинів. У каталозі завантаження виконайте наступне:

розархівувати orange.zip

cd помаранчевий

кіт. /*TXT >> oranges.fasta ## об'єднує всі файли в один файл fasta

м'яз - в апельсинах. fasta - phyout апельсини.phy

## -phyiout повідомляє м'язам використовувати чергуваний формат phylip для виведення

філ -i апельсини.фей -м HKY85

## -m призначений для методу, а HKY85 - нуклеотидний метод за замовчуванням, який ми використовували в UGENE

mv помаранчевий.phy_phyml_дерево.txt помаранчевий.nwk

## змінити назву виводу, щоб відобразити це файл nwk