Skip to main content
LibreTexts - Ukrayinska

16.1: Вступ

  1. Last updated
  2. Save as PDF
  • Page ID
    6533

    • \( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

    Формат ФАСТА

    Біологічні послідовності передаються програмному забезпеченню в стандартизованому форматі, іменованому FASTA. FASTA - це звичайний текстовий формат, який можна прочитати в будь-якому текстовому редакторі (TextEdit, Блокнот, VIM, TextWrangler і т.д.). Нуклеїнові кислоти (ДНК і РНК) і Білки представлені однобуквенними нуклеотидами (A, T, C, G) або однобуквенними амінокислотами (20 амінокислот). Послідовності FASTA починаються з символу > у першому рядку, а потім деяку описову інформацію про послідовність, наприклад назву послідовності. Наступний рядок складається з інформації про послідовність. Файл FASTA може містити декілька записів послідовності, які розмежовуються новим рядком і рядком заголовка, що починається з >.

    Приклад файлу FASTA

    > Складена послідовність нуклеїнових кислот

    ATATAGGATTAGGATTAGAGAGAGGAGGGATTGATTGATTGGATTGCGCCG
    > Інша послідовність нуклеїнових кислот в тому ж файлі GGGTCGGGATTCGATTCGATTCGATTCGAT

    Файли FASTA є звичайним текстом, але зазвичай мають розширення, яке вказує його як файл послідовності: .fasta, .fa, .fna або навіть .txt

    Нижче наведено список однобуквенних кодів нуклеїнових кислот:

    Код нуклеїнової кислоти Значення Мнемонічний
    A A А денін
    C C C тиозин
    Г Г Г Україна
    Т Т Т гімін
    У У Расик
    Р А або Г Pu R лінія
    У С, Т або У P Y римідинів
    К G, T або U основи, які є K каменів
    М А або С бази з M в групи
    S C або G Сильна взаємодія
    Ш А, Т або У Ми слабку взаємодію
    Б не A (тобто C, G, T або U) B настає після А
    D не C (тобто A, G, T або U) D настає після C
    Ч не G (тобто A, C, T або U) H настає після G
    V ні Т, ні U (тобто A, C або G) V настає після U
    П А, С, Г, Т, У N нуклеотид
    Х замаскований
    — Зазор невизначеної довжини

    Графічна послідовність маніпуляцій

    Вправи, описані тут щодо біоінформатики, будуть використовувати безкоштовне програмне забезпечення з відкритим кодом під назвою Unipro UGENE.