16.2: Аналіз послідовності

Last updated

Oct 24, 2022
Save as PDF
- 16.1: Вступ
- 16.3: У обмеженні кремнію

$\newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} }$

$\newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

Скачайте файл Lacz.gb і відкрийте в текстовому редакторі.
- Це файл формату Genbank, який містить послідовність, наступну за словом «ORIGIN» і закінчується на «//».
- Перед послідовністю йде партія описової інформації, включаючи ідентифікатори посилань, організмів та бази даних перехресних посилань. Хоча це не означає для вас багато, відповідну базу даних в Genbank можна запитати, щоб розкрити більше інформації про послідовність.
Скачайте файл LACZ.fasta і відкрийте в текстовому редакторі (Блокнот).
- Зверніть увагу на просту структуру файлу fasta, що починається з «>» та опису послідовності.
- Це послідовність ДНК. Але ДНК, як правило, дволанцюгова! Можна припустити послідовність другої пасма, оскільки вона буде доповнювати цю.
  - За угодою: ми знаємо, що ця послідовність становить 5 ′ → 3′.
- Цей текст містить частину генома кишкової палички, яка включає ген під назвою LaCZ.
- Цей файл не містить жодної анотації, яка вказує, де насправді починається або закінчується послідовність генів.
Запустіть UGENE і відкрийте обидва файли. Вони з'являться в лівій частині панелі «Об'єкти».

На дисплеї за замовчуванням автоматично відображається зворотне доповнення ланцюга ДНК та всіх 6 відкритих кадрів читання (ORF).

Щоб спростити вигляд, натисніть на 'C', щоб видалити комплементарну пасмо (дивіться курсор на зображенні).

4. Підрахуйте ORF:

Знайдіть ORF, клікнувши правою кнопкою миші по послідовності і виберіть «Аналіз → Знайти ORF»
Налаштування за замовчуванням шукає ORF на обох нитках з мінімальною довжиною 100 нуклеотидів
Відкрите читання кадру тут визначається як щось, що починається з ініціації або запуску кодонів зі Стандартного генетичного коду (ATG) і двох додаткових альтернативних початкових кодонів (TTG & CTG), що завершується будь-яким з трьох стандартних стоп-кодонів ( ТАА, ТЕГ, ТЕГ)
Вибір пункту «Попередній перегляд» надасть кількість можливих ORF, які відповідають цим критеріям.

011_Євген

5. Двічі клацніть на Lacz.gb на панелі «Об'єкти», щоб активувати перегляд.

Цей файл тепер показує ту саму послідовність з інформацією про ДНК.

Розгорніть різні функції на панелі «Анотації» внизу, щоб вивчити функції послідовності.

альт