12: Поза моделями народження-смерті
- Page ID
- 4744
\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)
У цьому розділі я обговорив моделі, які виходять за рамки моделей постійної швидкості народження-смерті. Ми можемо відповідати моделям, де швидкість видоутворення змінюється в залежності від класів або через час (або обидва). У деяких випадках дуже різні моделі передбачають однакову закономірність у філогенетичних деревах, що вимагає певної обережності, поки не будуть включені прямі дані про викопні копалини. Я також описав модель затяжного видоутворення, де видоутворення займає деякий час для завершення. Ця остання модель потенційно краще пов'язана з мікроеволюційними моделями видоутворення і може вказувати на плідні напрямки для поля. Ми знаємо, що прості моделі народження-смерті не фіксують багатство видоутворення та вимирання у дереві життя, тому ці моделі, що виходять за межі народження та смерті, мають вирішальне значення для зростання порівняльних методів.
- 12.1: Захоплення змінної еволюції
- Прості моделі народжування-смерті з постійною швидкістю не є адекватними для відображення складності та динаміки видоутворення та вимирання по дереву життя. Швидкість видоутворення та вимирання варіюється в часі, в різних кладах та серед географічних регіонів. Іноді ми можемо передбачити цю варіацію на основі того, що ми знаємо про механізми, які призводять до видоутворення та/або вимирання. У цьому розділі досліджуються деякі розширення моделей народження-смерті, які дозволяють нам детальніше вивчити диверсифікацію.
- 12.2: Зміна ставок диверсифікації по кладах
- З аналізу балансу дерев ми знаємо, що дерево життя є більш незбалансованим, ніж прогнозують моделі народження-смерті. Ми можемо дослідити цю зміну показників диверсифікації, дозволяючи моделям народження та смерті змінюватися вздовж гілок філогенетичних дерев. Найпростіший сценарій, коли у вас є конкретний прогноз щодо ставок диверсифікації для тестування. Наприклад, ми можемо задатися питанням, чи показники диверсифікації в одному кладі вищі, ніж у решті філогенетичного дерева.
- 12.3: Зміна ставок диверсифікації через час
- На додаток до розгляду варіації коефіцієнта в кладах, ми можемо також задатися питанням, чи змінювалися показники народжуваності та/або смертності з часом. Наприклад, можливо, ми вважаємо, що наш плад - це адаптивне випромінювання, яке зазнало швидкої диверсифікації після прибуття на острівний архіпелаг і сповільнилося, коли ця нова адаптивна зона заповнилася. Ця гіпотеза є прикладом диверсифікації, залежної від щільності, де швидкість диверсифікації залежить від кількості присутніх ліній
- 12.4: Моделі, що залежать від різноманітності
- Моделі, що залежать від часу в попередньому розділі, часто використовуються як проксі для захоплення процесів, таких як ключові інновації або адаптивні випромінювання. Багато з цих теорій припускають, що темпи диверсифікації повинні залежати від кількості видів, що живуть у певний час або місце, а не від часу. Тому ми можемо захотіти визначити швидкість видоутворення по-справжньому залежним від різноманітності способом, а не використовувати час як проксі.
- 12.5: Затяжна видоутворення
- У всіх моделям диверсифікації, які ми розглядали досі, видоутворення відбувається миттєво; один момент у нас є один вид, а потім відразу два. Але це біологічно не правдоподібно. Видоутворення вимагає часу, про що свідчить зростаюча кількість частково різних популяцій, які біологи визначили в природному світі. Крім того, той факт, що видоутворення вимагає часу, може мати глибокий вплив на форми філогенетичних дерев.