11.S: Встановлення моделей народження-смерті (резюме)

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4812

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

У цьому розділі я описав, як оцінювати параметри з моделей народження-смерті, використовуючи дані про видове різноманіття та вік, а також як використовувати моделі балансу дерев для перевірки гіпотез про зміну рівня народжуваності та смертності. Я також описав, як розрахувати ймовірність для моделей народження-смерті на деревах, що призводить безпосередньо як до ML, так і до байєсівських методів оцінки народжуваності та смертності. У наступному розділі ми вивчимо розробки моделей народження-смерті та обговоримо моделі, які виходять за рамки моделей народження-смерті з постійними показниками для аналізу різноманітності життя на Землі.

Посилання

Блюм, М.Г., і О.Франсуа. 2006. Які випадкові процеси описують дерево життя? Масштабне дослідження філогенетичного дисбалансу дерева. Сист. Біол. 55:685 —691.

Блюм, М.Г., Франсуа О.І., Янсон. 2006. Середнє значення, дисперсія та граничний розподіл двох статистичних даних, чутливих до філогенетичного балансу дерева. Енн. Застосовувати. Пробав. 16:195 —2214. Інститут математичної статистики ім.

Бортолуссі, Н., Дюран, М. Блюм, і О.Франсуа. 2006. AptreeShape: Статистичний аналіз філогенетичної форми дерева. Біоінформатика 22:363 —364.

Койн, Дж. А., і Х. А.Орр. 2004. Видоутворення. Сінауер, Нью-Йорк.

Драммонд, К.С., Іствуд, С.Т. Міотто, і К.Е. Хьюз. 2012. Множинні континентальні випромінювання та кореляти диверсифікації в Lupinus (Leguminosae): Тестування ключових інновацій з неповним таксоном вибірки. Сист. Біол. 61:443 —460. academic.oup.com.

ФіцДжон, Р.Г., В.П. Меддісон, і С.П. Отто. 2009. Оцінка ознак залежних показників видоутворення та вимирання з неповністю вирішених філогеній. Сист. Біол. № 58:95 — 611.

Гулд, С.Дж., Д. Рауп, Дж. Сепкоскі, Т.Дж. Шопф, і Д. С. Форма еволюції: Порівняння реальних і випадкових кладів. Палеобіологія 3:23 —40. Кембриджський університетський прес.

Гардінг, Е.Ф. 1971. Імовірності вкорінених форм дерев, породжених випадковою біфуркацією. Адв. апл. Побаб. 3:44 —7. Кембриджський університетський прес.

Хеджес, Б.С., і С.Кумар. 2009. Часове дерево життя. Преса Оксфордського університету, Оксфорд.

Гьона, С. 2014. Висновок правдоподібності непостійних показників диверсифікації з неповною таксонною вибіркою. Лос Один 9:e84184.

Хонна, С., М.Р. Мей, і Б.Р. Мур. 2016. TESS: R пакет для ефективного моделювання філогенетичних дерев та виконання байєсівського висновку про коефіцієнти диверсифікації лінії. Біоінформатика 32:789 —791.

Хонна, С., Т. Стадлер, Ф. Ронквіст, і Т. Бріттон. 2011 рік. Виведення швидкості видоутворення та вимирання при різних схемах відбору проб. Мол. Біол. Ед. 28:2577 —2589.

Хьюз, С., і Р. Іствуд. 2006 рік. Острівне випромінювання в континентальному масштабі: Виняткові темпи диверсифікації рослин після підняття Анд. Проц. Наталь. Акад. Науковий. У. С. А. 103:10334 —10339.

Хаттер, К.Р., Ламберт С.М., і Дж. Вієнс. 2017. Швидка диверсифікація та час пояснюють багатство земноводних у різних масштабах у тропічних Андах, найбільш біологічно різноманітній гарячій точці Землі. Ам. Нат. 190:828 —843.

Меддісон, В.П., Мідфорд, С.П. Отто, і Т. Оклі. 2007. Оцінка впливу бінарного символу на видоутворення та вимирання. Сист. Біол. 56:701 —710. Преса Оксфордського університету.

Мадріньян, С., А.Дж. Кортес та Дж. Річардсон. 2013 рік. Парамо - це найшвидший розвиток та найкрутіша точка біорізноманіття у світі. Спереду. Генерал 4:192.

Магаллон, С., і М.Дж. Сандерсон. 2001 рік. Абсолютні показники диверсифікації в покритонасінних кладах. Еволюція 55:1762 —1780 рр.

Макконуей, К.Дж., і Х.Дж. Сімс. 2004 рік. Метод, заснований на імовірності, для тестування нестохастичної варіації темпів диверсифікації філогеній. Еволюція 58:12 —23.

Міллер, Е.К., і Дж. Віенс. 2017 рік. Вимирання та час допомагають керувати градієнтом біорізноманіття морсько-земного: Чи є океан смертельною пасткою? Еколь. Літо. 20:91 —921.

Мурс, А.О., і С.Б. Херд. 1997. Виведення еволюційного процесу з філогенетичної форми дерева. К. преподобний біол. 72:31 —54.

Мора, C., D.P. Тіттенсор, С.Адл, А.Г. Сімпсон, і Б. Черв'як. 2011. Скільки видів існує на землі і в океані? Лос Біол. 9e1001127. Публічна бібліотека науки.

Морлон, Х., Т.Л. Парсонс, і Дж.Б. Плоткін. 2011 рік. Узгодження молекулярних філогеній з викопним записом. Проц. Наталь. Акад. Науковий. У. С. А. 108:16327 —16332. Національна академія наук.

Нью, С. 2006 р. Моделі народження-смерть в макроеволюції. Анну. Преподобний Екол. Евол. Ст. 37:1 —17. Щорічні огляди.

Ні, С., Р.М. Мей, і П.Х. Харві. 1994. Реконструйований еволюційний процес. Філос. Транс. Р.Соц. Lod. Б. Біол. Наук. 344:305 —311.

Парадіс, Е. 2012. Зсув у диверсифікації порівнянь сестер одягнених: Більш потужний тест. Еволюція 66:288 —295. Інтернет-бібліотека Wiley.

Робоський, Д.Л., Доннелан С.Л., Талаба А.Л., Ловетт І.Ю. Виняткова варіація серед ліній диверсифікації показників під час випромінювання найрізноманітніших хребетних клади Австралії. Проц. Біол. Наук. 274:2915 —2923.

Рауп, Д.М. 1985. Математичні моделі кладогенезу. Палеобіологія 11:42 —52.

Рауп, Д.М., і С.Дж. Гулд. 1974. Стохастичне моделювання та еволюція морфології: На шляху до номотичної палеонтології. Сист. Біол. 23:305 —32. Преса Оксфордського університету.

Рауп, Д.М., Гулд, Т.Дж. Шопф, і Д.С. Сімберлофф. 1973. Стохастичні моделі філогенезу та еволюція різноманітності. Геол. 81:525 —542.

Рогатгі В.К., 1976. Вступ до теорії ймовірностей та математичної статистики. Уайлі.

Словінський, Дж. Б., і К.Гуйєр. 1993. Тестування, чи викликали певні риси посилену диверсифікацію: вдосконалений метод, заснований на моделі випадкового видоутворення та вимирання. Ам. Нат. 142:1019 —1024.

Стадлер, Т. 2013а. Як ми можемо підвищити точність макроеволюційних оцінок швидкості? Сист. Біол. 62:321 —329.

Стадлер, Т. 2013b. Відновлення динаміки видоутворення та вимирання на основі філогеній. Евол Дж. Біол. 26:1203 —1219.

Стадлер, Т., і Ю.Смркова. 2016. Оцінка зрушень в темпах диверсифікації на основі філогеній вищого рівня. Біол. Лист. 12:20160273. Королівське товариство.

Стратманн, Р.Р., і М.Слаткін. 1983. Неймовірність тваринного філи з нечисленними видами. Палеобіологія. cambridge.org.

Вамосі, С.М., і Дж. Вамосі. 2005. Нескінченні тести: Рекомендації щодо аналізу порівнянь невкладеної сестринської групи. Евол. Еколь. Рез. 7:567 —579. ТОВ «Еволюційна екологія»

Юле, Г.Ю. Математична теорія еволюції, заснована на висновках д-ра. Дж. Вілліс, ФРС Філос. Транс. Р.Соц. Lod. Б. Біол. Наук. 213:21 —87. Королівське товариство.