9.7: Сліди

Last updated

Oct 24, 2022
Save as PDF
- 9.6: Візуалізація транскрипції та перекладу у бактерій
- 9.8: Хроматин Імуноопадів

$\newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} }$

$\newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

Footprinting - це метод визначення точної послідовності ДНК, з якою зв'язується той чи інший ДНК-зв'язуючий білок. Приклади:

гормонально-рецепторні комплекси, які зв'язуються зі своїми елементами гормональної відповіді
фактори транскрипції, які пов'язують еукаріотичні оператори, підсилювачі та глушники
лак-репресор, який вимикає лак-оперон в кишковій паличці

Клонуйте шматок ДНК, який містить сайт оператора, до якого зв'язується репресор.
Позначте один кінець молекул ДНК радіоактивною молекулою, наприклад радіоактивним АТФ.
Переварити ДНК за допомогою ДНКАзи I.
- DNaSe I скорочує молекули ДНК випадковим чином (на відміну від рестрикційних ферментів, які розрізають там, де вони знаходять певну послідовність)
- Вибирайте такі щадні умови, що більшість молекул будуть розрізані тільки один раз.
Результатом буде суміш радіоактивних фрагментів різної довжини, з найменшим збільшенням довжини, представленим одним нуклеотидом.
Відокремте фрагменти за допомогою електрофорезу.
Зв'язування лак-репресора з послідовністю 24 пар основ в операторі запобігає атаці DNaSe I на цю область молекули.
Коли фрагменти розділені електрофорезом, ті, що представляють довжини, покриті репресором, будуть відсутні в авторадіограмі.
Отриманий зазор є «слід».
Один і той же зразок ДНК (незахищений репресором) піддається нормальному секвенуванню ДНК і отримана сходи вирівнюється з авторадіограмою сліду.
Точна послідовність основ в операторі лаку потім може бути прочитана безпосередньо, оскільки вони представляють собою сходи, відсутні в сліді.