Skip to main content
LibreTexts - Ukrayinska

12.4: Вставка Alu (активність)

  1. Last updated
  2. Save as PDF
  • Page ID
    6562

    • \( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

    Alu 's є унікальними SINE, які з'являються в лінії приматів і розкривають рід і диверсифікацію приматів. Хоча ретротранспозони можуть порушити ген (як у деяких випадках гемофілії), вони часто висаджуються поза генами або всередині інтронів без ефекту. Один із прикладів елемента Alu без руйнування у людини знаходиться в місці під назвою PV92 на хромосомі 16. Цей елемент відноситься до наймолодшого підродини Alu, званого Ya5.

    Оскільки PV92 не викликає жодних шкідливих ефектів, його можна використовувати як необраний маркер для ілюстрації лінії. Деякі люди мають елемент Alu Int його розташування, а інші - ні. Наявність або відсутність цього маркера розглядається як алель. Ця лабораторія використовує ґрунтовку, яка фланкує розташування вставки Alu, що охоплює 416 bp. Якщо Alu присутній, ампліфікована ДНК буде на 300 бп більше (розмір Alu) при 731bp.

    Вправа: У ПЛР Silico PV92

    Грунтовка вперед: 5 ′ GGATCTCAGG GGGGGT GGCAA ATGCT 3 ′
    Зворотний ґрунтовка: 5 ′ GAAAG/GCAA АГКТК КККККАА 3 ′

    1. Виконання віртуальної ПЛР інформатики вправа/обговорення.
    2. Відвідайте ВИБУХ: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch
    3. Вставте обидва грунтовки: GGATCTCAG/GGGGGT GGCAA ATGCT GAAAG/GCAA, АГ, КТК, АГ, КККККККАГ,
    4. Виберіть «Дещо схоже»
      1. Знайдіть місце розташування виробу і розмір.

    5. Знайдіть фрагменти ПЛР в Угене

    1. Завантажити зразок файлу FASTA: PV92 зразок
    2. Відкрийте файл у Ugene та виберіть опцію «Як окремі послідовності у переглядачі»
    3. Виберіть кнопку «In Silico PCR» в крайньому правому куті (кнопка подвійної спіралі) і вставте праймери

    кнопка грунтовки

    4. Продукт ПЛР слід зазначити для однієї з послідовностей після натискання «Знайти продукти в будь-якому випадку»

    5. Клацніть по другій послідовності в переглядачі і натисніть «Знайти продукти все одно»

    Вправа: ПЛР генотип PV92 локус

    1. ПЛР окремих зразків.
    2. Налийте 2% агарози в ливарний апарат в холодильнику.
    • Потрібно зробити 2 гелі на клас → 100 мл ТБЕ з 2г агарози.
    • Додайте безпечний розчин SYBR 5 мкл у розплавлену агарозу перед литтям.
    • Помістіть 2 комплекти гребінців в гель → на одному кінці і посередині.
    1. Завантажте драбину ДНК та зразки ПЛР.
    2. Виконати гель при 120В протягом 30 хвилин.
    3. Візуалізуйте на ультрафіолетовому просвітнику.
    4. Оцінка гелів на наявність/відсутність алелей для визначення частоти генотипу в класі.