D: Таксономія клінічно значущих мікроорганізмів

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4002

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

Бактеріальні збудники

У наступних таблицях перераховані види та деякі вищі групи патогенних еубактерій, згаданих у тексті. Класифікація бактерій, одна з трьох областей життя, знаходиться в постійному потоці, оскільки відносини стають зрозумілішими через вибірку генетичних послідовностей. Багато груп на всіх таксономічних рівнях все ще мають невизначений зв'язок з іншими членами філогенетичного дерева бактерій. Посібник Бергея з систематики археї та бактерій підтримує опублікований список та описи прокаріотичних видів. Таблиці тут відповідають таксономічній організації в Посібнику з таксономічної структури Бергея. ¹

Ми розділили види на таблиці, що відповідають різним бактеріальним філам. Таксономічний ранг царства не використовується в таксономії прокаріот, тому філа є підгрупуванням нижче домену. Відзначимо, що багато бактеріальні філи не представлені цими таблицями. Види і пологи перераховані лише під класом в межах кожного phylum. Назви, дані бактеріям, регулюються Міжнародним кодексом номенклатури бактерій, що підтримується Міжнародним комітетом з систематики або прокаріотів.

Таблиця\(\PageIndex{1}\): Актинобактерії Phylum
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
актинобактерії	Коринебактерія	дифтерія	Дифтерія
	Гарднерела	вагінальний	бактеріальний вагіноз
	Мікрокок		опортуністичні інфекції
	Мікобактерії	бовіс	Туберкульоз, насамперед, у великої
	Мікобактерії	лепра	Хвороба Хансена
	Мікобактерії	туберкульоз	Туберкульоз
	пропіонібактерія	прищі	Акне, блефарит, ендофтальміт

Таблиця\(\PageIndex{2}\): Бактериїди Phylum
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
Бактероїдії	Порфіромонада		Пародонтоз
Бактероїдії	Превотелла	інтермедіа	Пародонтоз

Таблиця\(\PageIndex{3}\): Чистий хламідіоз
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
хламідії	хламідіоз	Пситтачі	Пситтакоз
хламідії	хламідіоз	трахоматіс	Хламідіоз, що передається статевим шляхом

Таблиця\(\PageIndex{4}\): Фірмікути Філлум
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
Бацили	Бацила	антрацид	Сибірська виразка
	Бацила	цереус	Діарейні та блювотні харчові отруєння
	Лістерія	моноцитогени	лістеріоз
	Ентерокок	фекаліс	Ендокардит, септицемія, інфекції сечовивідних шляхів, менінгіт
	Стафілокок	золотистий	Шкірні інфекції, синусит, харчові отруєння
	Стафілокок	епідермід	Нозокоміальні та опортуністичні інфекції
	Стафілокок	мамалига	опортуністичні інфекції
	Стафілокок	сапрофітний	Інфекції сечовивідних шляхів
	стрептокок	агалактії	Післяпологова інфекція, сепсис новонароджених
	стрептокок	мутани	карієс
	стрептокок	пневмонії	Пневмонія, багато інших інфекцій
	стрептокок	піогенс	Фарингіт, скарлатина, імпетиго, некротичний фасциит
Клостридії	Клостридій	ботулін	отруєння ботуліном
	Клостридій	складний	Коліт
	Клостридій	перфрінгенс	Харчове отруєння, газова гангрена
	Клостридій	Тетані	Правець

Таблиця\(\PageIndex{5}\): Фузобактерії Phylum
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
фузобактерії	Фузобактерії		Пародонтоз, синдром Лем'єра, виразки шкіри
фузобактерії	Стрептобактерії	моніліформний	Лихоманка від укусу щура

Таблиця\(\PageIndex{6}\): Протеобактерії Phylum
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
Альфа-протеобактерії	Анаплазма	фагоцитофіл	Гранулоцитарний анаплазмоз людини
	Бартонелла	Хенсела	Пеліоз, гепатит, бацилярний ангіоматоз, ендокардит, бактеріємія
	Бартонелла	Кінтана	Траншейна лихоманка
	Бруцелла	мелітенсис	Бруцельоз баранини
	Ерліхія	хаффенсис	Моноцитарний ерліхіоз людини
	Рікетсія	провазекіі	епідемічний висипний тиф
	Рікетсія	Рікетція	Плямиста лихоманка скелястих
	Рікетсія	тифи	Мишачий тиф
Бетапротеобактерії	Бордетелла	коклюш	коклюш
	Ейкенелла		Інфекції від укусу
	Нейссерія	гонорея	Гонорея
	Нейссерія	менінгіт	менінгіт
	Спіриллум	мінус (альт. мінор)	Содоку (лихоманка укусу щура)
Протеобактерії Епсилон	Кампілобактер	jejuni	Гастроентерит, синдром Гієна-Барре
Протеобактерії Епсилон	Хелікобактер	пілорі	Виразка шлунка
гамма-протеобактерії	Аеромонас	гідрофіла	Дизентерійний гастроентерит
	Коксиела	бурнетії	Q лихоманка
	Ентеробактер		Сечові та респіраторні інфекції
	Ешерихія	Штами кишкової палички: шига-токсин (STEC) (наприклад, O157: H7) також називають ентерогеморрагічною кишковою паличкою (EHEC) або вероцитотоксин, що продукує кишкову паличку (VTEC)	Спалахи харчової діареї, геморагічний коліт, гемолітико-уремічний синдром
	Ешерихія	Штам coli: ентеротоксигенна кишкова паличка (ETEC)	Пронос мандрівника
	Ешерихія	Штам coli: ентеропатогенна кишкова паличка (EPEC)	Діарея, особливо у маленьких дітей
	Ешерихія	Штам coli: ентероагрегативна кишкова паличка (EAEC)	Діарейна хвороба у дітей та мандрівників
	Ешерихія	Штам coli: дифузно прилипла кишкова паличка (DAEC)	Діарейна хвороба дітей
	Ешерихія	Штам coli: ентероінвазивна кишкова паличка (EPEC)	Бацилярна дизентерія, клітини вторгаються в епітеліальні клітини кишечника
	Франсіселла	туларенсис	Туляремія
	гемофіл	Дюкрей	Шанкроїд
	гемофіл	грип	Бактеріємія, пневмонія, менінгіт
	Клебсієла	пневмонії	Пневмонія, внутрішньолікарняні інфекції
	Легіонела	пневмофіла	Хвороба легіонера
	Моракселла	катаральний	Отит, бронхіт, синусит, ларингіт, пневмонія
	Пастерелла		пастерельоз
	Плезіомонас	шигеллоїди	гастроентерит
	Протей		Опортуністичні інфекції сечовивідних шляхів
	Псевдомонада	аеругіноза	Опортуністична, внутрішньолікарняна пневмонія і сепсис
	сальмонела	бонгорі	сальмонельоз
	сальмонела	ентерика	сальмонельоз
	Серрація		Пневмонія, інфекції сечовивідних шляхів
	Шигелла	Бойдії	Дизентерія
	Шигелла	дизентерії	Дизентерія
	Шигелла	флекснері	Дизентерія
	Шигелла	сонней	Дизентерія
	Вібріон	холери	Холера
	Вібріон	парагемолітичний	Гастроентерит з морепродуктів
	Вібріон	вульніфікус	Гастроентерит морепродуктів, некротизуючі ранові інфекції, септицемія
	Єрсінія	ентероколіти	іерсиніоз
	Єрсінія	пестіс	Чума
	Єрсінія	псевдотуберкульоз	Далекосхідна скарлеподібна лихоманка

Таблиця\(\PageIndex{7}\): Спірохети Філум
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
Спірохетія	Боррелія	Бургдорфері	Хвороба Лайма
	Боррелія	гермсії	Кліщова рецидивна лихоманка
	Боррелія	рецидивний	Рецидивуюча лихоманка
	Лептоспіра	допитів	Лептоспіроз
	Трепонема	палідум	Сифіліс, бейель, пінта, зев

Таблиця\(\PageIndex{8}\): Тенеріфе
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
Молікути	Мікоплазма	геніталій	Уретрит, цервіцит
	Мікоплазма	мамалига	Запальні захворювання органів малого тазу, бактеріальний вагіноз
	Мікоплазма	пневмонії	Мікоплазматична пневмонія
	Уреаплазма	уреалітікум	Уретрит, інфекції плода

Вірусні збудники

Існує кілька систем класифікації вірусів. Міжнародний комітет з таксономії вірусів (ICTV) є міжнародним науковим органом, відповідальним за правила класифікації вірусів. Використовувана тут система ICTV групує віруси на основі генетичної подібності та передбачуваної монофілії. Вірусна система класифікації відокремлена від системи класифікації клітинних організмів. Система ICTV групує віруси в межах семи порядків, які містять родинні сім'ї. В даний час існує велика кількість неприписаних сімей з невідомими спорідненнями до семи орденів. Три з цих загонів заражають лише евбактерії, археї або рослини і не відображаються в цій таблиці. Деякі сім'ї можуть бути розділені на підродини. Існує також багато ненаписаних пологів. Як і всі таксономії, вірусна таксономія знаходиться в постійному потоці. Останній повний список видів та класифікацію можна отримати на веб-сайті ICTV. ²

Таблиця під назвою «Вірусні патогени (продовження)» дає інформацію про порядок, сім'ю, підродину, рід, види та пов'язані з ними захворювання.Всі записи в цій таблиці не присвоюються в категорії замовлення. Для сімейства flaviviriadae, роду флавівірусу, виду вірусу денге, спорідненою хворобою є лихоманка денге. Для сімейства flaviviriadae, роду флавівірусу, виду Вірус жовтої лихоманки, споріднене захворювання - жовта лихоманка. У сімействі flaviviriadae, рід hepaciviriadae, вид вірусу гепатиту С, спорідненим захворюванням є гепатит С. Для сімейства hepadnaviridae, роду orthohepadnaviridae, роду orthohepadnavirus, вид вірусу гепатиту Е, споріднене захворювання - гепатит B. Для сімейства Hepeviridae, роду orthohepeviridae, спорідненою хворобою є гепатит Е. Для сімейства orthomyxoviridae, роду influenzavirus А, вид вірусу грипу А, споріднене захворювання - пандемічний грип Для сімейства orthomyxoviridae, роду influenzavirus B, виду вірусу грипу В, споріднене захворювання - Грип. Для сімейства orthomyxoviridae, роду influenzavirus C, вид вірусу грипу С, споріднене захворювання - Грип. Для сімейства papillomaviridae, роду alphapillomavirus, виду вірусу папіломи людини споріднене захворювання - шкірні бородавки. Для сімейства parvoviridae, підродини parvovirinae, роду еритропарвовірус, виду парвовірус людини В 19, споріднене захворювання - п'яте захворювання (erythema infectosum). Для сімейства poxviridae, підродини chordopoxvirinae, роду orthopoxvirus, виду variola вірус, спорідненими захворюваннями є variola major, variola minor (віспа). Для сімейства poxviridae, підродини chordopoxvirinae, роду orthopoxvirus, виду vaccinia вірус, споріднене захворювання - коров'яча віспа. Для сімейства reoviridae, підродини sedoreovirinae, рід rotavirus, вид восьми видів, споріднене захворювання - гастроентерит. Для сімейства retroviridae, підродини orthoretrovirinae, роду lentivirus, виду вірусу імунодефіциту людини споріднене захворювання - СНІД. Для сімейства togaviridae, роду альфа-вірус, виду вірусу чикунгунья (CHIKV), споріднене захворювання - чикунгунья. Для сімейства togaviridae, роду rubivirus, виду вірусу краснухи, споріднене захворювання - краснуха (німецький кір). Для неназначеного порядку, роду дельтавірус, вид вірусу гепатиту D, споріднене захворювання - гепатит D. — Малюнок\(\PageIndex{2}\)

грибкові збудники

Гриби є одним з королівств домену Eukarya. Гриби найбільш тісно пов'язані з тваринами та кількома іншими невеликими групами і більш віддалено пов'язані з рослинами та іншими групами, які раніше класифікувалися як протисти. В даний час гриби поділяються на сім філ (або поділів, затримка від того, коли гриби вивчалися з рослинами), але існують невизначеності щодо деяких взаємозв'язків. ³ Багато груп грибів, особливо ті, які раніше були класифіковані в Phylum Zygomycota, який не був монофілетичним, мають невизначені відносини з іншими грибами. Один із видів, перерахованих у цій таблиці, який потрапляє до цієї категорії, - Rhizopus arrhizus. Назви грибів регулюються Міжнародним кодексом номенклатури водоростей, грибів та рослин ⁴, але Міжнародна комісія з таксономії грибів (ICTF) також сприяє таксономічній роботі над грибами. Однією з видів діяльності ICTF є оприлюднення змін назв для медичних та інших важливих видів грибів. Багато видів, які раніше мали дві назви (одне для статевої форми і одне для безстатевої форми), зараз об'єднуються під однією назвою.

Таблиця\(\PageIndex{9}\): Грибкові збудники
Відділ	Рід	Види	Супутні захворювання
Аскомікота	Аспергілл	флавус	опортуністичний аспергільоз
	Аспергілл	фумігату	опортуністичний аспергільоз
	Бластоміцес	дерматит	Бластомікоз
	Кандида	альбіканці	Молочниця (кандидоз)
	кокцидіоїди	імміт	Лихоманка долини (кокцидіоідомікоз)
	Епідермофітон		Tinea corporis (стригучий лишай), tinea cruris (свербіж спортсменів), Tinea pedis (стопа атлета), tinea unguium (оніхомікоз)
	Гістоплазма	капсулатум	гістоплазмоз
	Мікроспорум		Tinea capitis (стригучий лишай), tinea corpus (стригучий лишай), інші дерматофітози
	Пневмоцист	Жировецький	опортуністична пневмонія
	споротрикс	Щенцький	Споротрихоз (хвороба троянда-хендлера)
	Трихофітон	ментарофіти вар. міжпальцевий	Tinea barbae (свербіж барбера), дерматофітози
	Трихофітон	Рубрум	Tinea corporis (стригучий лишай), tinea cruris (свербіж спортсменів), Tinea pedis (стопа атлета), tinea unguium (оніхомікоз)
базидіомікота	Криптокок	неоформани	Опортуністичний криптококкоз, грибковий менінгіт, енцефаліт
базидіомікота	Маласезія		Лупа, лишай
невизначені	Ризопус	арріз	мукормікоз

Протозойні збудники

Взаємозв'язки між організмами (і, отже, їх таксономія), раніше згруповані під назвою Protists, краще зрозумілі, ніж вони були два-три десятиліття тому, але це все ще триває робота. У 2005 році Еукарія розділилася на шість супергруп. ⁵ Остання класифікація високого рівня об'єднала дві попередні супергрупи, щоб створити систему, що складається з п'яти супергруп. ⁶ Ця класифікація була розроблена для Товариства протозоологів, але це не єдиний запропонований підхід. Одна з п'яти супергруп включає тварин, гриби та деякі менші групи протистів. Інший містить зелені рослини і три водорослеві групи. Інші три супергрупи (перераховані в трьох таблицях нижче) містять інших протистів, багато з яких викликають захворювання. Крім того, існує велика кількість протистських груп, стосунки яких не зрозумілі. У трьох представлених тут супергрупах ми вказали філу, до якої належать перераховані збудники.

Таблиця\(\PageIndex{10}\): Супергрупа Амебозоа
Філум	Рід	Види	Супутні захворювання
амебозоа	Акантамоеба		Гранулематозний амебний енцефаліт, акантамоебічний кератит
амебозоа	Ентамоеба	гістолітика	ентеробіоз

Таблиця\(\PageIndex{11}\): Супергрупа SAR (страменопіли, альвеолата, ризарія)
Філум	Рід	Види	Супутні захворювання
Апікомплекс	Бабезія		Бабезіоз
	Криптоспоридій	мамалига	Криптоспоридіоз
	Криптоспоридій	парвум	Криптоспоридіоз
	Циклоспора	кайетаненсис	гастроентерит
	Плазмодій	фальципарум	Малярія
	Плазмодій	малярії	«Доброякісна» або «квартан» (3-денна рецидивна лихоманка) малярія
	Плазмодій	овальний	«Тертіан» (2-денна рецидивна лихоманка) малярія
	Плазмодій	Вівакс	«Доброякісна» «тертіан» (2-денна рецидивна лихоманка) маля
	Плазмодій	знання	Приматна малярія здатна до зоонозу, квотидіанової лихоманки
	Токсоплазма	гондій	токсоплазмоз

Таблиця\(\PageIndex{12}\): Екскаватор Супергрупа
Філум	Рід	Види	Супутні захворювання
Метамонада	лямблії	лямблії	лямбліоз
Метамонада	Трихомонада	вагінальний	Трихомоніаз
Еугленозоа	Лейшманія	бразильська	Лейшманіоз
	Лейшманія	доновані	Лейшманіоз
	Лейшманія	тропіка	Шкірний лейшманіоз
	Трипаносома	брусеї	Африканська сонна хвороба (африканський трипаносомоз)
	Трипаносома	крузі	Хвороба Шагаса
Перколозої	Наглерія	Фаулері	Первинний амебний менінгоенцефаліт (неглеріоз)

паразитарні гельмінти

Таксономія паразитичних черв'яків, всі з яких належать до царства Animalia досі містить багато невизначеностей. Патогенні види зустрічаються у двох філ: нематоди, або круглих черв'яків, і Platyhelminthes, або плоских черв'яків. Нематода орієнтовно поділяється на два класи ⁷, один з яких, Chromadorea, ймовірно, містить неспоріднених груп. Паразитичні плоскі черв'яки містяться в трьох класах плоских черв'яків, з яких два важливі для людини, трематоди та цестоди.

Таблиця\(\PageIndex{13}\): Нематода Філум
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
хромадорея	Анцілостома	каніум	Інфекція собак анкихромом
	Анцілостома	дуоденале	Інфекція анкихрома Старого Світу
	Аскариди	люмбрикоїди	аскаридоз
	Ентеробій	вермікуларіс	Ентеробіоз (штифтовий черв'як)
	Лоа	лоа	Низький низький філяріоз (очний черв'як)
	Некатор	американець	Некаторіоз (Інфекція анкихрома Нового Світу)
	Стронгілоїди	стеркораліс	стронгілоїдоз
Еноплея	Трихінела	спіраль	Трихінельоз
Еноплея	Трічуріс	Трічіура	Трихуріаз (інфекція хмітовим глистом)

Таблиця\(\PageIndex{14}\): Платогельмінти
Клас	Рід	Види	Супутні захворювання
Трематода	Клонорхіда	синенсис	Китайська печінкова сосалька
	фасціолопсис	буски	фасціолопсіаз
	Фасціола	гігантський	фасціоліоз
	Фасціола	печінковий	фасціоліоз
	Опісторхіс	котячий	Опісторхоз
	Опісторхіс	віверріні	Опісторхоз
	Шистосома	гематобій	Сечовий шистосомоз
	Шистосома	японський	Шистосомоз
	Шистосома	мансоні	Кишковий шистосомоз
Цестода	Дифіллоботрий	латум	Дифіллоботриоз
	ехінокок	гранульозний	Гідатидні кісти (кістозний ехінококоз)
	ехінокок	багатоголокуріс	ехінококоз
	Taenia	азіатська	кишковий таеніаз
	Taenia	сагіната	кишковий таеніаз
	Taenia	солій	Кишковий таеніаз, цистицеркоз

Виноски

1 Керівництво Довіра Бергея. Посібник Бергея з систематики археї та бактерій, таксономічний контур. 2012 р. http://www.bergeys.org/outlines.html
2 Міжнародний комітет з таксономії вірусів. «Список основних видів ICTV». http://talk.ictvonline.org/files/ict...l/default.aspx
3 Д. С. Хіббетт та ін. «Філогенетична класифікація грибів вищого рівня». Мікологічні дослідження 111 № 5 (2007): 509—547.
4 Дж. Макнейл та ін. Міжнародний кодекс номенклатури водоростей, грибів та рослин (Мельбурнський кодекс). Оберрайфенерг, Німеччина. Наукові книги Koeltz; 2012. http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php?
5 S.M. Адл та ін. «Нова класифікація еукаріотів вищого рівня з акцентом на таксономію протистів». Журнал еукаріотичної мікробіології 52 № 5 (2005) :399—451.
6 S.M. Адл та ін. «Переглянута класифікація еукаріотів». Журнал еукаріотичної мікробіології 59 № 5 (2012) :429—514.
7 Національний центр біотехнологічної інформації. «Браузер таксономії: Нематода». http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy...ax.cgi? ідентифікатор = 6231