2.14: Протеоміка

Last updated

Oct 24, 2022
Save as PDF
- 2.13: Нуклеотиди
- Блок 3: Клітинна основа життя

$\newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} }$

$\newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

Геном

Один повний набір генів в організмі (гаплоїдний набір).

За винятком випадкових невідновлених пошкоджень його ДНК (= мутації), геном фіксується.

транскриптом

Найбільш поширене визначення: Всі молекули месенджерної РНК (мРНК) транскрибуються з генома.

Варіюється в залежності від диференційованого стану клітини та активності факторів транскрипції, які включають (і вимикають) транскрипцію генів.

Якщо говорити строго, то транскриптом можна визначити як усі молекули РНК, які включають в себе широкий спектр неперекладених, небілкових кодуючих РНК - транскрибуються з ДНК генома. Зараз вважається, що ~ 75% нашої ДНК транскрибується в РНК, хоча лише 1,5% цього є месенджерною РНК для синтезу білка.

Метаболом

Всі метаболічні механізми, наприклад,

ферментів
коферменти
дрібні метаболіти, як
- проміжні продукти при гліколізі та клітинному диханні
- нуклеотиди

присутній в клітці в даний момент часу.

Варіюється в залежності від диференційованого стану клітини і її поточної діяльності.

Протеом

Протеом є протетом в доповненні до генного дому. Це зовсім трохи складніше, ніж геном, оскільки один ген може породити ряд різних білків через

альтернативне зрощування РНК до месенджера (pre-MRNA)
Редагування РНК передмесенджерних РНК
приєднання вуглеводних залишків з утворенням глікопротеїнів
додавання фосфатних груп до деяких амінокислот в білку

Хоча ми, люди, мабуть, маємо лише близько 21 тисячі генів, ми, ймовірно, робимо щонайменше в 10 разів більшу кількість різних білків. Переважна більшість наших генів виробляють попередньо МРНК, які альтернативно зрощуються.

Вивчення протеоміки важливо, оскільки білки відповідають як за будова, так і за функції всього живого. Гени - це просто інструкція з виготовлення білків. Саме білки роблять життя.

Набір білків всередині клітини змінюється

від одного диференційованого типу клітин до іншого (наприклад, еритроцитів проти лімфоцитів) і
від моменту до моменту, в залежності від діяльності клітини, наприклад,
- підготовка до дублювання свого геному;
- відновлення пошкоджень його ДНК;
- реагуючи на новодоступний нутрієнт або цитокін;
- реагуючи на надходження гормону