8.S: Підгонка моделей еволюції дискретних символів (резюме)
- Page ID
- 4769
У цьому розділі я описую, як алгоритм обрізки Фельзенштейна може бути використаний для обчислення ймовірності моделей Mk та Extended-MK на філогенетичних деревах. Я також описав як ML, так і байєсівські фреймворки, які можуть бути використані для перевірки гіпотез про еволюцію характеру. У цьому розділі також міститься опис тесту «загального сміття», який підкаже, чи є у ваших даних інформація про еволюційні темпи даного персонажа.
Аналіз нашого прикладу кінцівок ящірки показує силу цього підходу; ми можемо оцінити швидкість переходу для цього персонажа протягом макроеволюційного часу, і ми можемо з певною впевненістю сказати, що переходи між кінцівками та безкінцівками були асиметричними. У наступному розділі ми будемо спиратися на модель Mk і далі розвивати наш порівняльний інструментарій для розуміння еволюції дискретних символів.
Посилання
Бергманн, П.Дж., і Дж. Іршик. 2012. Еволюція хребців і диверсифікація скваматних плазунів. Еволюція 66:1044 —1058 рр. Інтернет-бібліотека Wiley.
Брандлі, М.К., Ю.П. Уельсенбек, і Дж. Віенс. 2008. Темпи та закономірності еволюції змієподібної форми тіла у скваматних плазунів: Докази повторної повторної еволюції втрачених цифр та довготривалої стійкості проміжних форм тіла. Еволюція. Інтернет-бібліотека Wiley.
Фельзенштейн, Дж. 2004. Висновки філогеній. Sinauer Associates, Inc., Сандерленд, Массачусетс
Фельзенштейн, Дж. 1973. Методи максимальної правдоподібності та мінімальних кроків для оцінки еволюційних дерев за даними про дискретні символи. Сист. Біол. 22:240 —249. Преса Оксфордського університету.
Пірон, Р.А., Ф.Т. Бурбрінк, і Дж. Віенс. 2013. Філогенія і переглянута класифікація сквамати, що включає 4161 вид ящірок і змій. BMC Евол. Біол. 13:93. бмцеволбіол.біомедцентрал.com.
Розінделл, Дж., і Л.Дж. Гармон. 2012 рік. OneZoom: дослідник фракталів для дерева життя. Лос Біл. 10:е1001406.