10.2: Фенетика

Last updated

Oct 24, 2022
Save as PDF
- 10.1: Кладистика
- 10.3: Дихотомні клавіші

$\newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} }$

$\newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

$\newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$

$\newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$

$\newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$

$\newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$

$\newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$

$\newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$

$\newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$

$\newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

Інший спосіб класифікації є ще більш математичним. Це фенетика, заснована на багатоваріантних методах аналізу даних. Одним з його методів є кластерний аналіз, який описаний нижче.

Всупереч кладистиці, фенетика розглядає персонажів як усіх рівних і не використовує жодних еволюційних припущень.
Нам потрібно вирішити, які таксони нам знадобляться, оцінити їх описи, витягти персонажів — все це схоже на кладистику (див. вище).
Поляризація символів не потрібна, коди символів можуть бути вказані більш-менш довільно, і немає необхідності в перегрупі.
Таблиця символів може бути такою ж, як у попередньому прикладі (знову ж, див. вище).

Потім нам потрібно буде створити квадратну матрицю (або таблицю) подібності:

	Альфацея	Бетацеае	Gammaceae
Альфацея	1
Бетацеае	0,75	1
Gammaceae	0,25	0	1

Кожна комірка цієї матриці містить значення подібності $K$ : $K=\frac{\mbox{number of matching characters}}{\mbox{number of all characters}}$

Зверніть увагу, що існує ще багато відповідних коефіцієнтів подібності, але вони виходять за межі нашої сфери.

Потім нам потрібно зробити дендрограму, яка є деревоподібною структурою. Традиційно дендрограма будується знизу вгору, від більш схожих до менш схожих груп. Наприклад, ми можемо почати з підключення найближчих таксонів, Alphaceae та Betaceae:

Знімок екрана 2019-01-05 в 3.35.38 PM.png

7. Потім нам потрібно приєднати інші таксони, які є найближчими до попередньої групи:

Знімок екрана 2019-01-05 в 3.35.49 PM.png

Іноді, коли у нас є кілька таксонів, ми отримуємо кілька незалежних груп (кластерів). У такому випадку різні кластери можуть бути з'єднані на основі середньої схожості.

8. Betaceae і Alphaceae ближче, тому ми можемо об'єднати їх в одному порядку:

Замовити Альфалес

1. Сімейство Алфавітні 2. Сімейство Бетацевих

Замовити Гаммалес

1. Сімейний Gammaceae