5: Вступ до баз даних

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4450

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

Комп'ютер належить на стільниці в сучасній біологічній лабораторії, поряд з іншим необхідним обладнанням. Мережа онлайн-баз даних надає дослідникам швидкий доступ до інформації про гени, білки, фенотипи та публікації. У цій лабораторії ви будете збирати інформацію про ген MET з різних баз даних.

Цілі

Наприкінці цієї лабораторії студенти повинні мати можливість:

пояснити, як інформація подається та обробляється біологічними базами даних.
використовувати бази даних NCBI для отримання інформації про конкретні гени та білки, закодовані цими генами.
описати обчислювальні процеси, що використовуються геномними проектами для декодування послідовностей ДНК та обробки інформації для молекулярних баз даних.
використовувати базу даних генома Saccharomyces для отримання інформації про роль (и), які конкретні білки відіграють у метаболізмі дріжджів та фенотипічні наслідки порушення функції білка.

Біомедичні дослідження були перетворені за останні 25 років завдяки швидкому прогресу в технологіях секвенування ДНК, робототехніці та обчислювальних потужностях. Ці досягнення відкрили епоху науки з високою пропускною здатністю, яка генерує величезну кількість інформації про біологічні системи. Цей інформаційний вибух стимулював розвиток біоінформатики, міждисциплінарної галузі, яка вимагає навичок математики, інформатики та біології. Біоінформатики розробляють обчислювальні інструменти для збору, організації та аналізу найрізноманітніших біологічних даних, які зберігаються в різноманітних пошукових базах даних. Сьогоднішній біолог повинен бути знайомий з онлайн-базами даних і володіти знаннями в пошуку баз даних для отримання інформації.

Вашій команді було надано три штами S. cerevisiae, в кожному з яких відсутній ген MET. У наступних кількох лабораторіях ви визначите, який ген MET видаляється в кожному штамі. Для ідентифікації штамів вам знадобиться інформація про послідовності генів MET, які були порушені в мутантних штамах. Вам також знадобиться інформація про роль, яку відіграє кожен із закодованих білків в синтезі метіоніну. У цій лабораторії ви будете шукати цю інформацію, специфічну для генів, в декількох онлайнових базах даних. Кожен член групи повинен досліджувати різні один з трьох генів MET. Коли ви прогресуєте через цю лабораторію, ви можете відчувати, що ви ходите в колах часом, тому що ви є! Записи в базах даних широко гіперпосилання один з одним, тому ви часто знайдете один і той же запис за допомогою декількох шляхів. Під час роботи з цим розділом ми рекомендуємо записувати результати пошуку безпосередньо в цьому посібнику з лабораторії.