Skip to main content
LibreTexts - Ukrayinska

13.2: Штрих-кодування (активність)

  1. Last updated
  2. Save as PDF
  • Page ID
    6521

    • \( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

    Штрих-кодування ДНК зразків

    1. Помістіть зразок в чистий тюбик об'ємом 1,5 мл.
    2. Додайте 100 мкл розчину ядерного лізису в трубку.
    • Закрутіть чистий пластиковий товкач до внутрішньої поверхні.
    1. Додайте 500 мкл більше розчину ядерного лізису в трубку.
    2. Інкубуйте трубку на водяній бані або тепловому блоці при 65°С протягом 5-15 хвилин.
    3. [Необов'язково] Додайте 200 мкл розчину для осадження білка в кожну трубку інкубувати на льоду протягом 5 хвилин.
    4. Центрифуга протягом 4 хвилин на максимальній швидкості, щоб гранулювати білок і клітинний сміття.
    5. Перенесіть 600 мкл супернатанту в чисту марковану трубку.
    6. Додайте 600 мкл ізопропанолу.
    7. Центрифуга протягом 2 хвилин на максимальній швидкості, щоб гранулювати ДНК.
    8. Злийте супернатант і додайте 600 мкл 70% етанолу, щоб промити гранулу.
    9. Центрифугуйте пробірку протягом 2 хвилин на максимальній швидкості і обережно видаліть розчин.
    10. Висушіть на повітрі гранули протягом 10 хвилин і додайте 100 мкл розчину регідратації ДНК (ТЕ).
    11. Інкубуйте ДНК при 65° C протягом 5-10 хвилин для розчинення.
    12. Отримайте ПЛР-пробірку, що містить готовий до роботи ПЛР-бісер. Позначте тюбик своїм ідентифікаційним номером.
    13. Використовуйте мікропіпетку зі свіжим наконечником, щоб додати 23 мкл однієї з наступних сумішей грунтовки/завантажувального барвника в кожну пробірку. Дайте кулькам розчинитися протягом 1 хвилини.
    • Рослини: грунтовки RbCl (RBClaf/RbCla rev)
    • Риба: праймери COI (VF2_T1/ Риба F2_T1/ Fishr2_T1/ FR1D_T1)
    • Комахи: (ЛепФ1_Т1/ Лепр1_Т1)
    1. Додайте 2 мкл вашої ДНК безпосередньо у відповідну суміш грунтовки/завантажувального барвника.
    2. Помістіть трубки в термоциклер.
    3. Налийте 2% агарози в ливарний апарат в холодильнику.
      1. Потрібно було зробити 2 гелі на клас → 100 мл ТБЕ з 2г агарози
      2. Додайте 5 мкл безпечного розчину SYBR в розплавлену агарозу перед литтям.
      3. Помістіть 2 комплекти гребінців в гель → на одному кінці і посередині.
    4. Завантажте драбину ДНК та зразки ПЛР.
    5. Запустіть гель при 120В протягом 30 хвилин.
    6. Візуалізуйте на ультрафіолетовому трансілюмінаторі.
    7. Документ з камерою.
    8. Надіслати амплікони перевірених зразків для секвенування.
    • Рослинний ген RbCl
      • RBCLAF 5' - АТГТ КАКАКАА ААА ACAGA ААГК-3' (вперед грунтовка)
      • RbClar 5'- ГТАААААТЦАГТК КСРКГ-3' (зворотна грунтовка)
    • Ген монеток тварин
      • LepF1 5' - АТЦА АККА АТТА АГАТА ТГГ -3 '(праймер вперед)
      • Лепр1 5' - TAA АКТ ТГТГ ТГТК ЦАА АААААААА-3' (зворотна грунтовка)
      • vf1f 5' - TCTCCAACCAACA ACCAA АГАТА ТТГГ-3' (праймер вперед)
      • vf1r 5'- TAGACT CTCTGGGGGCCAA АГАААААААЦА-3' (зворотна грунтовка)