10.6: Графіки лінійного наскрізного часу

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4271

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

Іншим основним способом кількісної оцінки філогенетичної форми дерева є створення лінійних графіків через час. Ці ділянки мають час по осі х (від кореня дерева до наших днів), і реконструйоване число ліній на осі y (рис. 10.8). Оскільки ми зазвичай розглядаємо моделі народження-смерті, де кількість ліній, як очікується, зростатиме (або зменшуватиметься) експоненціально через час, то типовою практикою є лог-перетворення осі y.

Малюнок 10.9. Лінійно-наскрізний час сюжет. Зображення автора, може бути використано повторно за ліцензією CC-BY-4.0.

Лінія через час графіки є ефективними способами візуалізації закономірностей диверсифікації лінії в часі. За моделлю чистого народження в масштабі напівколоди ділянки LTT слідують за прямою лінією в середньому (рис. 10.9А). На відміну від цього, вимирання повинно залишати чіткий сигнал на ділянках LTT, оскільки ймовірність зникнення лінії залежить від того, як довго вона була навколо; старі лінії набагато частіше постраждали від вимирання, ніж відносно молоді роди. Ми бачимо, що це відображено в сюжетах LTT як «тяга сьогодення» - підйом нахилу ділянки LTT поблизу сьогоднішнього дня (рис. 10.9B). Неповний відбір проб - тобто не вибірка всіх живих видів у кладі - також може мати величезний вплив на форму ділянок LTT (рис. 10.9C). Ми обговоримо сюжети LTT далі в главі 11, де ми будемо використовувати їх, щоб зробити висновки про закономірності диверсифікації лінії через час.

Малюнок 10.10. Приклад лінійно-наскрізного часу графіків. Зображення автора, може бути використано повторно за ліцензією CC-BY-4.0.