10.3: Моделі народження-смерті та філогенетичні дерева

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4287

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

Вищезазначене обговорення розглядало кількість родовищ за моделлю народження-смерть, але не їх філогенетичні зв'язки. Однак, просто відстежуючи відносини батьків і потомства між родами, ми можемо розглянути моделі народження-смерть, які призводять до філогенетичних дерев (наприклад, рис. 10.2D).

Основним ускладненням філогенетичних досліджень моделей народження-смерті є те, що ми отримуємо «цензурований» погляд на процес, в тому, що ми спостерігаємо лише лінії, які доживають до наших днів. У наведеному вище прикладі, якби справжнє філогенетичне дерево було побудованим у 10.5A, ми мали б лише можливість спостерігати філогенетичне дерево на малюнку 10.5B - і навіть тоді, лише якщо ми відібрали всі види та реконструювали дерево з ідеальною точністю! Частково відібране дерево з лише збереженими видами можна побачити на малюнку 10.5C. У наступному розділі я розповім про взаємозв'язок між моделями народження-смерті та довжиною гілок філогенетичних дерев набагато докладніше.

Малюнок 10.5. A. дерево народження-смерті, включаючи всі вимерлі та збереглися види; Б. дерево народження-смерті, що включає лише існуючі види; і C. Частково вибіркове дерево народження-смерті, включаючи лише деякі існуючі види. Зображення автора, може бути використано повторно за ліцензією CC-BY-4.0.