9.S: Поза моделлю Mk (резюме)

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4525

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

Проста модель Mk забезпечує корисну основу для ряду інноваційних методів. Ці методи захоплюють еволюційні процеси, які є більш складними, ніж оригінальна модель, включаючи моделі, які змінюються в часі або в кладах. Моделювання більш ніж одного дискретного символу одночасно дозволяє перевірити на корельовану еволюцію дискретних символів.

Взяті в цілому, глави з 7 по 9 дають основу для аналізу дискретних символів на деревах. Можна перевірити безліч біологічно актуальних гіпотез про те, як ці персонажі змінилися вздовж гілок дерева життя.

Посилання

Больє, Дж. М., Б.К. О'Меара, і М.Дж. Донохью. 2013. Виявлення прихованих швидкісних змін еволюції бінарного морфологічного характеру: Еволюція звички рослин у кампанулідних покритонасінних рослин. Сист. Біол. 62:725 —737.

Фельзенштейн, Дж. 2012. Порівняльний метод для дискретних і неперервних символів з використанням порогової моделі. Ам. Нат. 179:145 —156.

Фельзенштейн, Дж. 1985. Філогенії і порівняльний метод. Ам. Нат. 125:1 —15.

Фельзенштейн, Дж. 2005. Використання кількісної генетичної порогової моделі для висновків між видами та всередині них. Філос. Транс. Р.Соц. Lod. Б Біол. Науковий журнал 360:1427 —1434.

ФіцДжон, Р.Г. 2012. Diversitree: Порівняльний філогенетичний аналіз диверсифікації в R.Methods Ecol. Ед. 3:1084 —1092.

Фукуяма, К. 1991. Нерестова поведінка і чоловіча тактика спарювання пінно-гніздової деревоподібної жаби, Rhacophorus schlegelii. Анім. Біф. 42:193 —199. Ельзев'є.

Гомес-Местре, І., Пірон Р.А., і Дж. Вієнс. 2012. Філогенетичні аналізи виявляють несподівані закономірності в еволюції репродуктивних режимів у жаб. Еволюція 66:3687 —3700.

Хенніг, В. 1966 р. Філогенетична систематика. Університет штату Іллінойс Прес.

Хельсенбек, Дж. П., Ларгет, і М.Е. Альфаро. 2004. Вибір байєсової філогенетичної моделі з використанням реверсивного стрибка маркова ланцюга монте-карло. Мол. Біол. Ед. 21:123 —133.

Ліо, П., і Н.Голдман. 1998 р. Моделі молекулярної еволюції та філогенезу. Геном Рез. 8:1233 —1244.

Меддісон, В.П., Мідфорд, С.П. Отто, і Т. Оклі. 2007. Оцінка впливу бінарного символу на видоутворення та вимирання. Сист. Біол. 56:701 —710. Преса Оксфордського університету.

Маразці, Б., Ане, М.Ф. Саймон, А. Делгадо-Салінас, М.Луцков, і М.Дж. Сандерсон. 2012 рік. Розташування еволюційних попередників на філогенетичному дереві. Еволюція 66:3918 —3930.

Маркес, Р., і П.Веррелл. 1991 рік. Залицяння і спаровування іберійської акушерки жаби Alytes cisternasii (Amphibia: Anura: Discoglossidae). Зоол. 225:125 —139. Блеквелл Видавництво ТОВ

О'Міра, Б.К., Ане, М.Дж. Сандерсон, і П.К. Вейнрайт. 2006. Тестування на різні темпи безперервної еволюції ознак з використанням ймовірності. Еволюція 60:922 —933 рр.

Пагель, М. 1999а. Висловлюючи історичні закономірності біологічної еволюції. Природа 401:877 —884.

Пагель, М. 1999б. Максимально правдоподібний підхід до реконструкції станів родового характеру дискретних символів на філогеніях. Сист. Біол. 48:612 —62.

Пагель, М., і Мід А.С. 2006. Байєсівський аналіз корельованої еволюції дискретних символів оборотно-стрибковим марковим ланцюгом монте-карло. Ам. Нат. 167:808 —825.

Ревелл, Л.Дж. 2014. Оцінка родового характеру за пороговою моделлю з кількісної генетики. Еволюція 68:743 —759.

Рей, Н.А. 2007. Цікавий Джордж: Пуголовка біда. Хоутон Міффлін Харкорт.

Сталь, М., і Д. Пенні. 2000 р. Парсимонія, ймовірність та роль моделей у молекулярній філогенетиці. Мол. Біол. Ед. 17:39 —850.

Томас, Г. Х., Фреклтон Р.П., і Т. Секелі. 2006 р. Порівняльний аналіз впливу режиму розвитку на показники фенотипічної диверсифікації у берегових птахів. Проц. Біол. Наук. 273:1619 —1624 рр.

Таффлі, С., і М. Зв'язки між максимальною ймовірністю і максимальною парсімонією при простій моделі підміни сайту. Бик. Математика. Біол. 59:581 —607.

Тайлер, М.Дж., і Д.Б. Картер. 1981 рік. Пероральне народження молодняка шлункової роздутої жаби reobatrachus silus. Анім. Біф. 29:280 —282. Ельзев'є.

Уйеда, Дж., Л.Дж. Гармон, і К.Е. Бланк. 2016. Комплексне дослідження морфологічної та екологічної еволюційної динаміки ціанобактерій через глибокий геологічний час. Лос Один 11e0162539. Публічна бібліотека науки.

Ян, З. 2006 р. Обчислювальна молекулярна еволюція. Преса Оксфордського університету.

Самудіо, К.Р., Р.К. Белл, Р.К. Налі, К.Ф. Б. Хаддад, і К.П. Поліандрія, хижацтво та еволюція репродуктивних режимів жаби. Ам. Нат. 188 Постачання 1: S41-61.