6.S: Поза броунівським рухом (резюме)

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4567

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)

У цьому розділі я описав кілька моделей, які представляють альтернативи броунівському руху, який досі є домінуючою моделлю еволюції ознак, що використовується в літературі. Ці приклади дійсно представляють початок цілого набору моделей, які можна підходити до біологічних даних. Найкраще застосування цього типу підходу, на мою думку, полягає в тестуванні конкретних біологічно мотивованих гіпотез з використанням порівняльних даних.

Розділ 6.9: Виноски

1: Оригінальні моделі Пагела спочатку були орієнтовані на дискретні символи, але - як він пізніше зазначив - однаково добре застосовуються до безперервних символів.

назад до основного тексту

Посилання

Альфаро, М.Е. 2013. Ключові еволюційні інновації. в Дж. Б. Лосос, D.A. Баум, DJ Futuyma, H.E. Hoekstra, Р.Е. Ленскі, А.Дж. Мур, C. L. Пейхель, Д. Шлютер, і М.К. Уітлок, ред. Прінстонський путівник до еволюції. Преса Прінстонського університету, Прінстон.

Бломберг, С.П., Гарланд-молодший, і А.Р. Айвз. 2003. Тестування на філогенетичний сигнал у порівняльних даних: Поведінкові риси більш лабільні. Еволюція 57:17 —745.

Беттигер, К., Г.Кооп, і П.Ральф. 2012 рік. Чи інформативна ваша філогенія? Вимірювання потужності порівняльними методами. Еволюція 66:2240 —2251.

Бокма, Ф. 2008. Виявлення «пунктуаційної рівноваги» за байєсовою оцінкою швидкостей видоутворення та вимирання, станів предкового характеру та темпів анагенетичної та кладогенетичної еволюції на молекулярній філогенії. Еволюція 62:2718 —2726. Блеквелл видавнича Inc.

Істман, Дж. М., Альфаро, П. Джойс, А.Л. Хіпп, і Л.Джей Гармон. 2011. Запропоновано новий порівняльний метод виявлення зрушень темпів еволюції характеру на деревах. Еволюція 65:3578 —3589.

Гарленд, Т., молодший 1992. Оцініть тести на фенотипічну еволюцію за допомогою філогенетично незалежних контрастів. Ам. Нат. 140:509 —519.

Голдберг, Е.Е., і Б.Ігіч. 2012 рік. Темп і режим еволюції селекційної системи рослин. Еволюція 66:3701 —3709. Інтернет-бібліотека Wiley.

Грант, П.Р., і Б.Р. Грант. 2002. Непередбачувана еволюція в 30-річному дослідженні в'юрків Дарвіна. Наука 296:707 —711.

Грант, П.Р., і Р.Б. Грант. 2011. Як і чому розмножуються види: Випромінювання в'юрків Дарвіна. Преса Прінстонського університету.

Хансен, Т.Ф., і Е.П. Мартінс. 1996 рік. Переклад між мікроеволюційним процесом і макроеволюційними закономірностями: Кореляційна структура міжвидових даних. Еволюція 50:1404 —1417 рр.

Гармон, Л.Дж., Л. лосос, Т. Джонатан Девіс, Р.Г. Гіллеспі, Дж.Л. Gittleman, W. Брайан Дженнінгс, К.Х. Козак, М. МакПік, Ф. Морено-Roark, Т Дж. поблизу, і інші. 2010. Ранні сплески еволюції розмірів і форми тіла рідкісні в порівняльних даних. Еволюція 64:2385 —2396.

Хантер, J.P. 1998. Ключові інновації та екологія макроеволюції. Тенденції Ecol. Ед. 13:31 —36.

Ланде, Р. 1976. Природний відбір та випадковий генетичний дрейф у фенотипічній еволюції. Еволюція 30:314 —334.

О'Міра, Б.К., Ане, М.Дж. Сандерсон, і П.К. Вейнрайт. 2006. Тестування на різні темпи безперервної еволюції ознак з використанням ймовірності. Еволюція 60:922 —933 рр.

Пагель, М. 1999а. Висновок історичних закономірностей біологічної еволюції. Природа 401:877 —884.

Пагель, М. 1999б. Максимально правдоподібний підхід до реконструкції станів родового характеру дискретних символів на філогеніях. Сист. Біол. 48:612 —62.

Пеннелл, М.В., і Л.Дж. Гармон. 2013 рік. Інтегративний погляд на філогенетичні порівняльні методи: Зв'язки з популяційною генетикою, екологією громад та палеобіологією. Енн. Н.Ю. акад. Наук. 1289:90 —105.

Ревелл, Л.Дж. 2013. Два нових графічних методу відображення еволюції ознак на філогенії. Методи Еколь. Ед. 4:754 —759.

Ревелл, Л.Дж., Хармон Л.Дж., і комір Д. Філогенетичний сигнал, еволюційний процес та швидкість. Сист. Біол. 57591 —601.

Сімпсон, Г. 1945 р. Темп і режим в еволюції. Транс. Н.Ю. акад. Наук. 8:45 —60.

Томас, Г. Х., Фреклтон Р.П., і Т. Секелі. 2006 р. Порівняльний аналіз впливу режиму розвитку на показники фенотипічної диверсифікації у берегових птахів. Проц. Біол. Наук. 273:1619 —1624 рр.

Уєда, Дж., і Л.Дж. Гармон. 2014 рік. Новий байєсовий метод виводу та інтерпретації динаміки адаптивних ландшафтів за філогенетичними порівняльними даними. Сист. Біол. 63:902 — 918. sysbio.oxfordjournals.org.

Йодер, Дж. Б., Клансі, С. де Рош, Дж. Істман, Л.Джентрі, В. Годсо, Т. Джей Хейгі, Д. Джохімсен, Б.П. Освальд, Дж. Робертсон та інші. 2010 рік. Екологічна можливість та походження адаптаційних випромінювань. Евол Дж. Біол. 23:1581 —1596. Блеквелл Видавництво ТОВ