4.5: Резюме

Last updated
Save as PDF

Page ID: 4210

$ \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } $ $ \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} $$\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$ $ \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$ $ \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$ $ \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$ $ \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$ $ \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$ $ \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$ $ \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$ $ \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$ $ \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$ $\newcommand{\id}{\mathrm{id}}$ $ \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$ $ \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}$ $ \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}$ $ \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}$ $ \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}$ $ \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}$ $ \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}$ $ \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}$ $ \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}$

Пристосувавши броунівську модель руху до філогенетичних порівняльних даних, можна оцінити швидкість еволюції одного персонажа. У цьому розділі я продемонстрував три підходи до оцінки цієї швидкості: PIC, максимальна ймовірність та Байєсівський MCMC. У наступному розділі ми обговоримо інші моделі еволюції, які можуть підходити до безперервних персонажів на деревах.

Виноски

1: Протягом цієї глави, коли я кажу «швидкість», я буду мати на увазі броунівський параметр руху σ ². Це трохи відрізняється від «традиційних» оцінок еволюційного темпу, як ті, які оцінюють палеонтологи. Наприклад, можна мати вимірювання ознак у серії скам'янілостей, що представляють еволюційну лінію, відібрану в різні періоди часу. Розраховуючи величину зміни за заданий часовий проміжок, можна оцінити еволюційну швидкість. Ці показники можуть бути виражені як Darwins (визначається як різниця в журналах значень ознак, поділена на час у роках) або Халданів (визначається як різниця значень ознак, масштабованих їх стандартними відхиленнями, поділеними на час у поколіннях). Обидва типи швидкостей були розраховані як на основі даних про викопність, так і за сучасними даними часових рядів про еволюцію обох островів та лабораторних експериментів. Такі показники найкраще фіксують еволюційні тенденції, де середнє значення ознаки змінюється послідовно через час (докладнішу інформацію див. Огляд Harmon 2014). Ставки, оцінені броунівським рухом, - це інший тип «ставки», і слід подбати про те, щоб порівняти їх (див., наприклад, Gingerich 1983).

назад до основного тексту

2: Зверніть увагу, що існують більш складні алгоритми оптимізації, які корисні для більш складних завдань в порівняльних методах. У представленому тут випадку, де поверхня гладка і має єдиний пік, підійде практично будь-який алгоритм.

назад до основного тексту

3:PICS - це перетворення вихідних даних, в якому вся інформація про кореневий стан була видалена; наше уявлення про те, яким може бути цей кореневий стан, не впливає на обчислення за допомогою PIC. Можна обчислити ймовірність для методу PIC REML, припускаючи, що всі стандартизовані PIC взяті з нормального розподілу (ур. 4.5) із середнім значенням 0 та дисперсією $\ hat {\ sigma} _ {REML} ^2$ (ур. 4.8). Крім того, можна оцінити дисперсію PIC безпосередньо, маючи на увазі, що потрібно використовувати середнє значення нуля (ур. 4.4). Ці два методи дають абсолютно однакові результати.

назад до основного тексту

Посилання

Бернхем, К.П., і Д.Р. Андерсон. 2003 рік. Вибір моделі та мультимодельний висновок: Практичний інформаційно-теоретичний підхід. Springer Наука & Бізнес Медіа.

Фельзенштейн, Дж. 2004. Висновок філогеній. Sinauer Associates, Inc., Сандерленд, Массачусетс

Фельзенштейн, Дж. 1985. Філогенії і порівняльний метод. Ам. Нат. 125:1 —15.

ФіцДжон, Р.Г. 2012. Diversitree: Порівняльний філогенетичний аналіз диверсифікації в R.Methods Ecol. Ед. 3:1084 —1092.

Фреклтон, Р.П. 2012. Швидкі розрахунки правдоподібності для порівняльного аналізу. Методи Еколь. Ед. 3:40 —1947.

Гарленд, Т., молодший 1992. Оцініть тести на фенотипічну еволюцію за допомогою філогенетично незалежних контрастів. Ам. Нат. 140:509 —519.

Гінгеріч, П. Д. 1983. Темпи еволюції: Ефекти часового та часового масштабування. Наука 222:159 —161.

Гармон, Л.Дж. 2014. Макроеволюційні темпи. в Прінстонському путівнику до еволюції. Преса Прінстонського університету.

Хілл, Дж. Е. 1974. Нове сімейство, рід і види кажанів (mammalia, chiroptera) з Таїланду. Британський музей (Природознавство).

Хо, Л.С.Т., і К. Ане. 2014. Лінійно-часовий алгоритм для гаусових та негаусових моделей еволюції ознак. Сист. Біол. 63:397 —408.

Ноцедаль, Дж., і С.Райт. 2006. Чисельна оптимізація. Springer Наука & Бізнес Медіа.

О'Міра, Б.К., Ане, М.Дж. Сандерсон, і П.К. Вейнрайт. 2006. Тестування на різні темпи безперервної еволюції ознак з використанням ймовірності. Еволюція 60:922 —933 рр.